由于海关查验赔偿的内容比行政赔偿相对简单，因此，海关查验赔偿程序也比行政赔偿程序更为简化、易行。在海关查验货物、物品发生损坏后，海关实施查验赔偿一般要经过以下程序：
(1)填写《海关查验货物、物品损坏报告书》，记录损坏情况。
海关关员在查验货物、物品时损坏被查验货物、物品的，应当如实填写《中华人民共和国海关查验货物、物品损坏报告书》(以下简称《海关查验货物、物品损坏报告书》)，准确记录被损坏的货物、物品的名称、规格和数量、发生损坏的时间、损坏的原因、损坏的具体情况等。《海关查验货物、物品损坏报告书》是海关查验货物、物品发生损坏的原始记录，是当事人要求赔偿和海关依法履行赔偿义务的重要依据。
《海关查验货物、物品损坏报告书》应当由实施查验的海关关员和当事人双方签字确认，并一式两份，一份交当事人，一份留海关存查。如果是海关依法径行开验、复验或者提取货样时造成货物、物品损坏的，查验关员应当请在场的保管人员作为见证人在《海关查验货物、物品损坏报告书》上签字，并及时通知当事人。
是否向海关要求查验赔偿是当事人可以自行处分的权利，如果进口货物的收货人、出口货物的发货人、进出境物品的所有人决定放弃海关查验赔偿的，可以在《海关查验货物、物品损坏报告书》上签注放弃赔偿的意见，则海关可以不进入下一步的赔偿程序。
(2)确定赔偿金额
首先，海关损坏被查验的货物、物品后，应当确定货物、物品的受损程度，并以海关依法审定的完税价格为基数，确定赔偿金额。所谓进出口货物、物品的完税价格，是海关凭以从价计征关税的价格，又称为海关价格。进出口货物的完税价格，由海关以该货物的成交价格为基础审查确定。成交价格不能确定时，完税价格由海关估定。进口货物的完税价格包括货物的货价、货物运抵中华人民共和国境内输入地点起卸前的运输费及其相关费用、保险费;出口货物的完税价格包括货价、货物运抵中华人民共和国境内输出地点装载前的运输费及相关费用、保险费，但是，其中包含的出口关税税额，应当予以扣除。进出境物品完税价格的确定与进出境货物的完税价格又有所不同。进出境物品的品种、规格、新旧程度多种多样，相当一部分进出境物品又可能是曾经使用过的，而且要求通关速度快，海关无法按其成交价格确定其完税价格，《海关法》规定进出境物品由海关依法直接确定。
其次，赔偿的金额应当根据被损坏的货物、物品或其部件受损耗程度或修理费用确定，必要时，可以凭公证机构出具的鉴定证明确定。
(3)填制《海关损坏货物、物品赔偿通知单》。
如果进口货物的收货人、出口货物的发货人、进出境物品的所有人没有放弃海关查验赔偿的意识表示的，实施查验的海关应当自损坏被查验的货物、物品之日起两个月内确定赔偿金额，并填制《海关损坏货物、物品赔偿通知单》，送达给当事人。《海关损坏货物、物品赔偿通知单》相当于海关的赔偿决定。
(4)领取赔款
进口货物的收货人、出口货物的发货人、进出境物品的所有人收到《海关损坏货物、物品赔偿通知单》后，应当在三个月内凭《通知单》直接到海关领取赔款，或者是将自己的将银行帐号通知海关，由海关将赔款通过银行划拨到自己的账户上。如果权利人超过三个月的期限不向海关领取赔款、不将银行帐号通知海关划拨的，又没有正当理由的，讲视为当事人放弃查验赔偿，海关将不再履行赔偿的责任。上述三个月的期限是权利人行使权利的有效期间，目的是为了保证行政管理秩序的稳定性和督促权利人积极行使相关权利。
(5)救济权利
当事人对海关对查验赔偿的处理决定有异议的，可以在收到《通知单》之日起六十日内向作出赔偿决定的海关的上一级海关申请行政复议，对复议决定不服的，可以在收到复议决定之日起十五日内向人民法院提起诉讼;也可以自收到《通知单》之日起三个月内直接向人民法院提起诉讼。
海关查验赔偿是海关特有的一种赔偿制度，与国家赔偿的违法赔偿原则不同，其确立的无过错责任原则使相对人因海关依法查验导致的损害
