申诉权利是《宪法》赋予公民、法人或者其他组织的一项基本权利，是公民、法人或者其他组织在因国家机关及其工作人员的违法失职行为而受到侵害时，有权向有关机关申述理由，要求重新处理的权利。1996年颁布实施的《行政处罚法》对当事人针对行政机关作出的行政处罚的申诉权作出了相应规定，《海关法》对此问题也有原则性规定。海关历来重视对公民、法人或者其他组织所提申诉的处理。长期以来，针对公民、法人或者其他组织就海关具体行政行为提出的申诉请求，海关始终坚持依法行政、有错必纠的原则，根据《宪法》、《海关法》等有关规定及时、公正地进行了处理，纠正了一批确实违法或不当的具体行政行为，有效维护了管理相对人的合法权益。随着行政领域执法实践的发展，目前海关申诉制度已经成为行政复议、行政诉讼之外公民、法人和其他组织寻求法律救济的又一重要途径。2004年11月，海关总署以行政规章形式出台了《中华人民共和国海关办理申诉案件暂行规定》，对申诉案件的受案范围、审查机关、办理程序、审查要求、决定形式等方面作了明确规定，规范和统一了全国各级海关申诉案件的处理和执行问题。
所谓海关申诉制度是指公民、法人或者其他组织不服海关作出的具体行政行为在法定复议和诉讼期限届满后向海关提出申诉请求，海关对原具体行政行为的合法性和适当性进行审查并作出处理决定的法律救济制度。从申诉制度的上述定义可以看出，申诉与复议有相似之处，都属于行政机关内部的审查监督程序，审查范围均是具体行政行为的合法性和适当性，但两者在管理相对人提起审查申请的期限规定上有显著差异：行政复议申请人必须在知道具体行政行为作出之日起六十日内提出复议申请，而申诉人在复议期限届满(甚至在三个月的诉讼期限届满)后仍可向有关海关提出申诉请求。换言之，即便公民、法人或者其他组织丧失了申请行政复议和提起行政诉讼的权利，其仍可选择申诉程序对海关作出的已发生法律效力的具体行政行为提出异议，要求有权机关审查并重新作出处理。海关申诉制度的上述规定赋予了公民、法人或者其他组织更为宽松的提出申诉、寻求法律救济的条件，有利于更加充分地保障管理相对人的合法权益。
根据《海关办理申诉案件暂行规定》的有关规定，公民、法人或者其他组织不服海关具体行政行为要求申诉的，可以向作出原具体行政行为的海关提出申诉请求，也可以向该海关的上一级海关提出(对海关总署作出的具体行政行为或者复议决定不服的，应当向海关总署提出申诉)。对符合条件的申诉申请，海关应予受理，并应当自受理之日起六十日内作出处理决定，情况复杂的案件，可以适当延长审理期限，但延长期间最多不得超过三十日。海关经对申诉案件进行审查，分别作出如下处理决定：原具体行政行为、复议决定认定事实清楚，证据确实充分，适用依据正确，程序合法，内容适当的，决定维持，驳回申诉人的申诉请求;海关有不履行法定职责情形的，决定在一定期限内履行或者责令下级海关在一定期限内履行;原具体行政行为有①主要事实不清，证据不足的;②适用依据错误的;③违反法定程序，可能影响公正处理的;④超越或者滥用职权的;⑤具体行政行为明显不当等情形之一的，决定撤销、变更或者确认违法;需要重新作出具体行政行为的，由原作出具体行政行为的海关重新作出。
