南京海事法院是全国第11家海事法院，管辖区域为江苏沿海海域和长江水道通海水域。南京海事法院内设综合办公室、政治部(督查室)、立案庭(诉讼服务中心、审判监督庭)、海事审判庭、海商审判庭、执行局(执行指挥中心)、司法警察支队、机关党委。为方便当事人诉讼，还分别在辖区内的连云港、南通、泰州、苏州四个城市设立了派出法庭。
南京海事法院管辖范围为：自江苏省与山东省交界处至江苏省与上海市交界处的延伸海域，自江苏省与安徽省交界处至江苏省浏河口之间长江干线及支线水域，以及江苏省行政区域内的港口与通海可航水域。
南京海事法院依照《最高人民法院关于海事法院受理案件范围的规定》，受理下列第一审案件：海事侵权纠纷案件、海商合同纠纷案件、海洋及通海可航水域开发利用与环境保护相关纠纷案件、其他海事海商纠纷案件、海事行政案件、海事特别程序案件等六大类共108种类型案件。对南京海事法院作出的判决或者裁定，当事人不服提出上诉的，由江苏省高级人民法院审理。
南京海事法院派出法庭管辖地域：
1.连云港法庭：负责审理发生在江苏省连云港市、盐城市的一审海事、海商案件。
2.南通法庭：负责审理发生在江苏省南通市的一审海事、海商案件。
3.泰州法庭：负责审理发生在江苏省泰州市、常州市的一审海事、海商案件。
4.苏州法庭：负责审理发生在江苏省苏州市、无锡市的一审海事、海商案件。
南京海事法院负责本院各类案件的立案、庭前文书制作与送达等工作;办理诉前财产保全、证据保全事宜;审查支付令、债权登记、海事强制令、货物提存、公示催告、认定海上财产无主、宣告失踪死亡、优先权催告等案件;接受本院审判庭和依法接受其他法院委托执行财产保全、证据保全、调查取证和送达;核算诉讼费，办理诉讼费的缓、减、免手续;负责本院上诉案件的管理;处理涉诉信访和收转各类诉讼资料;负责委托司法鉴定等工作;负责协调派出法庭的管理;负责司法援助申请事宜;负责审理不服本院生效裁判的民事、行政审判监督案件;负责审理上级人民法院指令再审以及本院院长提请审委会决定再审的民事、行政再审案件。
