如果货运公司提单上的托运人不以本身的名义向托运人发出提单，也不以本身的名义与货运公司订立运输合同，转运公司只需及时向托运人报告情况，协助托运人及时采取措施减少损失。货运代理企业应当及时与船舶公司通报集装箱超期使用费的免除问题，及时采取措施将货物从集装箱中移走。应当尽量维护有关费用(如集装箱超期使用费标准)的合理性，以免支付超过法律保护的货主的索赔额。目前国内法院的判决一般只支付相同规模新箱价值的两倍无船承运人应当努力作为费用标准进行计算，因此在向船公司垫付滞箱费时应当据理力争，避免多垫付的部分托运人不认,货物运输代理人和航运公司签订独立协议的则按协议执行。
货物转运企业接受托运人委托从事代理业务时，应当尽职尽责。货物转运企业因货物转运企业取消拖车和航次而不能进行运输的，货物转运企业不需要向托运人负责。但是，根据合同法第401条，承运人取消航程安排时，应当及时向托运人报告。同时货运代理人应当及时注意其他承运人发出的航程信息。密切注意航运公司的动态、目的港政策相关动态，同时将瘟疫写入提单和运输合同中并作出明确的约定。如果因为来自疫区的原因目的港国家政策导致放弃货物的风险较高的情况下，建议实际承运人收取提货担保以避免可能发生的拒收损失，同时货代提单最好不要签发，否则将以承运人的身份承担法律责任。如果其他承运人能够承担运输任务，应当将情况反馈给货运代理人，及时安排预订，以便完成托运人的委托。
根据民法一般规定第一百六十四条的规定，代理人不履行或者不履行职责，造成代理人损害的，应当承担相应的责任。货运代理人因疾病爆发而未能及时完成代理人的工作的，因为不可抗力的缘故，应当立即通告、降低委托人的损失之后可以按照民法一般不可抗力的规定免责，在國家要求的限期期满后，代理公司仍不可以立即进行代理事宜的，除非是可以证实在签订合同书时未能预料代理事宜的缘故否则承担赔偿责任。疫情作为不可抗力免责的事由，应严格控制在疫情作为不可抗力影响所及的范围内不发生责任，在此范围内可以完全免除责任;若不可抗力与当事人的原因共同构成损害发生、合同不能履行、延迟履行，则依据“原因与责任相比例”的原则，当事人应承担相应部分的责任，即部分免责。
