为此，实务中，建议货物代理人在货运费用垫付问题上应注意以下事项：
第一，货运代理人垫付的费用项目和产生的单据都较多，所以在每次垫付前，应注意在单据上以编号、标识等方式表明费用与所代运货物之间的关系，避免委托人否认单据与代运货物关联性的风险的发生。
第二，货运代理人所垫付的项目建议在合同中约定，没有约定的，每次垫付前，应取得托运人的书面确认。
第三，委托人指示第三方向货运代理人付款的，应由委托人与第三方同时出具代付款的说明确认，避免第三方付款后又否认代付关系的风险的发生。
第四，向境外付款的银行汇款记录、发票、收款确认等文件应妥善保存。
第五，及时对账，书面确认。
实践中根据货物最终的不同处理情况如无法处理、货物被变卖、货物被销毁等等，往往还会产生码头堆存费、货物销毁费、处理费用、操作费用等等。费用主张需结合实际损失证据综合认定，部分损失因往往发生在目的港举证存在一定难度;而费用主张是否能够得到支持核心在于费用真实性本身，其次会视费用性质是否应由货主承担来认定。
一、关于货代垫付费用偿付的原则
无需赘述的是，当海上货运代理合同的双方当事人对费用结算有明确约定的，则从约定。而当海上货运代理合同中缺乏此类约定时，应从货代司法解释第九条规定出发，即由“相关合理费用”中引申出的关联性、合理性两方面进行审查。
就关联性而言，即需判断该垫付费用是否发生于海上货运代理事务履行过程中。一般而言，只要是该垫付费用的支出系有利于委托人，或是客观上能促成、保障所委托货代事务顺利进行的，即应被视为具有关联性。然而需要引起注意的是，货运代理人在船、货双方代理角色互换或重叠情况下的关联性审查。在出口货运情形下，通常货运代理事务在货物装船、取得并向委托人转交海运单证时即已履行完毕。货物出运后，原则上法律关系已转变为委托人(托运人)与承运人间的海上货物运输合同。此时的货运代理人，身份往往已转变为承运人的代理人。对于发生在目的港的费用，如货运代理人是以承运人的代理人身份对外垫付的，而为了规避法律风险(如承运人起诉托运人的一年诉讼时效已超过)，转而以货运代理人身份起诉委托人(托运人)，即应对关联性作出否定性的倾向判断。事实上，货运代理人在货代与运输业务中的身份重叠，在货代业界普遍存在，理由有二：
其一，货代事务范围包括在装港的装箱、出口报关、订舱等事宜及在卸港的进口报关、仓储、陆运直至指定地点等事宜，故合同纠纷目的港垫付费用的发生确系在货代受托范围内。
其二，甄别货运代理人是否恶意利用船、货两种代理人身份规避法律，恐怕是关联性审查的实质难点与要点，所涉情形亦因不同具体案件而有所差别。
就合理性而言，即需判断该垫付费用是否系货运代理人适当处理所产生，即是否出于货运代理人善良、谨慎处理事务所需。关于费用合理性的判断，当然需要结合具体案件事实加以判断，但总体应作适当从宽认定，理由有五：
一是事前书面固定相关文件，如合作前签署正式的书面合同，约定费用支付方式、未付费用扣单措施、约定滞纳金等违约措施、争议解决方式和管辖法院等;
二是合作过程中定期对账，并以书面清单形式盖章确认，避免后续可能的费用争议，以及海事法院单票个案诉讼的风险;
三是关注客户资质情况，不同客户给予不同额度的账单，同时关注资质变化情况如存在风险及时减损或取得其他保障如考量是否有后续提单、是否可个人做担保等等。
四是，正如本案中所显示，实践中产生争议的往往是因货物被海关查验、遭收货人拒收、运输中发生事故等非正常情形下所产生的额外费用，此类费用的实际收取主体并非货运代理人，除部分费用(如申请更长的免费堆存/用箱期)货运代理人可在一定程度上进行议价外，对绝大部分费用货运代理人均无实质性议价能力，且不及时垫付还可能导致更多额外损失，故委托人如质疑其合理性，应首先负担初步的举证责任。
五是，正如后文即将提及的，货运代理人需对其履行货代义务无过错负担举证责任，如其不能对额外费用的产生就过错及因果关系作否定性举证，该额外费用就可能被认定为是货运代理人过错所导致的损失而无权向委托人主张偿付，故货运代理人并未就此减轻法律与诉讼风险负担。
二、关于货代过错推定举证责任分配原则在垫付费用类案中的适用
货代司法解释第十条确立了较为严苛的过错推定举证责任分配原则，货运代理人由此须负担结果意义上的举证责任。审判实践中，在委托人起诉货运代理人求偿损失的类案中，此条规则的适用并无争议;但如反之，在货运代理人起诉委托人求偿垫付费用的类案中，是否同样应对货运代理人适用过错推定原则，则存在不同认识。有观点认为，该条规则本已严苛，如在货运代理人求偿垫付费用的类案中亦加以适用，则过分不利于货运代理人权益的保护，故应作限缩性解释，将过错推定的适用限于委托人起诉货运代理人求偿损失的类案中。认为，上述观点的出发点无疑是良善与衡平的，但在实践中却只能徒增当事人讼累而无法达至预想的目的。
理由同样有二：
其一，上述规则设立的实践基础，是货运代理人掌握并操作货代事务具体细节，委托人则处于信息劣势地位，在诉讼中即显现为举证能力弱势，而这一基础，无论在委托人求偿损失案件中，还是货运代理人求偿垫付费用案件中，均未改变。
其二，假若依照如上观点限缩过错推定原则的适用，即在货运代理人求偿垫付费用案件中不考虑货运代理人是否存在过错问题，则委托人在偿付垫付费用后，另案起诉货运代理人，将其负担的额外费用作为实际损失主张由货运代理人赔偿的，则在该另案审理中，仍无法回避对货运代理人适用过错推定原则。因此，局部限缩过错推定原则的适用，除了增加双方当事人的讼累，别无他益。为此，认为，在货运代理人求偿垫付费用的案件审理中，若委托人提出抗辩，即应适用过错推定原则;退而言之，即使委托人未提抗辩，以为亦应视情作出释明或主动介入审查，以避免另案纠纷的讼累。
根据《最高人民法院关于审理货运代理纠纷案件若干问题》的规定，除非合同明确约定可扣单，否则货运代理企业以委托人未支付相关费用为由拒绝交付单证的不支持。即扣单的前提是合同约定，当然需要指出的是，司法实践中往往要求合同约定主体需对应扣单主体和作为货主的托运人。
值得注意的是，在审查费用的关联性、合理性以及货运代理人过错等问题上，货运代理人是否谨慎履行了报告和披露义务是应当予以关注的一节重要事实。报告和披露义务是作为谨慎的海上货运代理合同受托人应当履行的最为重要的合同附随义务，即货运代理人应当随时向委托人报告委托事务的处理情况。一般来讲，在委托事务处理过程中，如果委托人要求受托人履行报告义务，告诉事务处理情况，受托人应当报告;即使委托人没有要求受托人汇报，但有报告的必要时，如进行有障碍、情事变更等，受托人亦应随时汇报，以便委托人决策。本案中的原告较好地履行了这一义务，因此其在诉讼中的举证难度就相应降低了。在诉讼中，如有证据表明货运代理人对可能发生的费用进行了报告，而委托人当时并未提出异议的，委托人需对诉讼中提出的抗辩承担较重的举证责任。
总之，在货运代理人求偿垫付费用的类案中，严格审查费用关联性，从宽把握费用合理性，兼而考虑货运代理人的过错推定举证责任分配原则，上述三者结合在一起，应可确保诉辩双方风险与权益的合理平衡。尽量减少以赊账方式收取运费，若不得不给予客户一定账期，应约定合理限额，避免产生巨应收账款。在给客户的账期约定，建议约定最高额垫付金额。一旦超过上述最高额，则付款赎单。一旦应收款项发生逾期，应立刻停止垫付运费。
